蔡司显微镜配套的软件是ZEN coreZEN core是专为操作任意蔡司光学或电子显微镜而设计的通用软件，它集成了图像获取设备控制数据分析等多种功能，能够满足科研人员在显微镜操作过程中的各种需求奥林巴斯CX33三目光学显微镜可以搭配Olympus Stream和CellSens系列软件这些软件支持实时图像采集，具有图像处理。